जेजुरी मंदिराचे बांधकाम व जीर्णोद्धार वेगवेगळ्या कालावधीमध्ये झाले असल्याने मंदिरामध्ये अनेक शिलालेख सापडतात.त्यापैकी काही शिलालेख सुस्थितीतआहेत तर काहींचे अस्तित्व नाहीसे होण्याच्या मार्गावर आहे.मंदिरातील एक जैन शिलालेख सोडला तर बाकी सर्व शिलालेख प्राकृत मराठीतील आहेत. मंदिरातील मध्य गर्भगृहातून मुख्य गर्भगृहामध्ये जाताना दरवाजाच्या उजव्या बाजूला संगमरवरी मूर्ती दिसते त्याच्या खालील भागात एक शिलालेख आहे तो संवत १३०३ शके ११६८ ( इसवी सन १२४६ ) मधील आहे " धउल्लकाने आत्मकल्याणासाठी कपर्दी यक्षाची प्रतिमा केली."
मंदिराच्या दर्शनी भागात एक शिलालेख आहे त्याप्रमाणे राघो मंबाजी खटावकरांनी सदर व मंडपाचे काम सुरु केल्याचा शके १५५७ ( इसवी सन १६३५ ) मधील आहे तर गडाच्या दक्षिणेकडील ओवा-यांवर शके १५५९ ( इसवी सन १६३७ ) मधील कामे पूर्ण केल्याचा उल्लेख आहे.भंडार गृहाच्या दर्शनी भागावर शके १६७८ मध्ये श्रीगोंदेकरांनी निर्माण केल्याचा उल्लेख आहे तर पंचलिंग मंदिर दरवाजावर विठ्ठल शिवदेव विंचूरकरांनी ( सासवडकर ) शके १६११ मध्ये उभारल्याचे शिलालेख आहेत.होळकर घराण्याची कुलस्वामी खंडेरायावर अपार भक्ती असल्याने जेजुरगडाचे वैभव वाढविण्यात सिंहाचा वाटा आहे. पश्चिम, उत्तर व पूर्वेकडील तटबंदीवर होळकरांचे शिलालेख आढळतात.
